馬祖列島位於台灣本島西北方，隔海與中國大陸閩江口、黃岐半島與羅源灣相望。距離台灣本島114海浬，離金門152海浬，與閩江口相距約54海浬，離福建陸地約10多海浬。

地質上為花崗岩錐狀島嶼，地勢起伏大且陡峭，多谷地、灣澳，海岸地區花崗質岩石，受風化及波浪侵蝕作用，多崩崖、險礁、海蝕洞、海蝕門等地形，部分灣澳地區經過沖積與堆積作用形成沙灘、礫石灘、卵石灘。全縣4鄉只有東引沒有沙灘。縣名「連江」，轄區共有4鄉（南竿、北竿、莒光、東引）。縣政府位在南竿鄉介壽村。

1949年起因台海分離，馬祖為戰地政務與軍事管制之地，全區皆劃為軍事重地。隨處可見結構複雜的軍事建築、鬼斧神工的地下坑道及港口、據點、砲座、訓練場所、軍醫院等軍事設施，深具獨特戰地風光。1992年11月7日起正式解除戰地政務後，軍方已陸續開放不同類型之軍事觀光資源，交由連江縣政府與國家風景區管理處經營供遊客參訪。